Apple hatte zu Beginn der Betaphase von iOS 9.3 die Funktionalität zur Bedienung der Benutzeroberfläche am iPad Pro mithilfe des Apple Pencil deaktiviert. Sie soll bald wieder zur Verfügung stehen. Ein Apple-Sprecher gab an, dass man mit der kommenden, fünften Beta von iOS 9.3 die Fähigkeiten des Apple Pencil wieder auf die Bedienung der Benutzeroberfläche ().
