Einher mit der Veröffentlichung von iPhone OS 3.1 hat Apple auch die iTunes-Software für Mac OS X und Windows auf Version 9 aktualisiert. iTunes 9 erlaubt nämlich direkt am Computer die Anordnung der App-Icons für iPhone und iPod touch. Ebenfalls neu ist die Synchronisation von Interpreten und Genres mit iPod und iPhone, wodurch sich ausgesuchte Interpreten und Genres vollständig mit dem Gerät abgleichen lassen. Zudem gibt es nun Genius