Die Europäische Kommission bestreitet, mit Clean IT ein europaweites Kontroll- und Überwachungssystem etablieren zu wollen. EU-Innenkommissarin Cecilia Malmström spricht angesichts der kritischen Reaktionen auf das von der Bürgerrechtsorganisation EDRi veröffentlichte Diskussionspapier von einem „großen Missverständnis“.