Die meisten Anwendungen wurden inzwischen an das neue Mac-Betriebssystem angepasst, doch hier und da gibt es noch kleinere Probleme. Bei InDesign sind es deren drei. Das erste tritt beim Ausblenden von InDesign oder anderen Anwendungen auf und das zweite beim Kopieren und Einfügen von Vektoren aus InDesign CS3 in Illustrator CS3. Für Benutzer sicherlich am ärgerlichsten ist das Nav-Svcs-Problem, bei dem ein Programmabsturz auftreten kann, wenn auf das Dateisystem mit Dialogboxen zugegriffen wird (Export, Speichern und andere). Die Abstürze sollen auf PPC-Maschinen deutlich häufiger auftreten, bei manchen Benutzern soll ein Löschen der InDesign-Einstellungen vorübergehend Abhilfe geschafft haben, was Tests von Adobe allerdings nicht bestätigen.