Anwender, die eine andere Software als iTunes zur Synchronisation ihrer Musik mit dem iPod benutzen, dürften mit den neuen iPod nano-, iPod classic- und iPod shuffle-Modellen Probleme bekommen. Wie das Blog iPodminusiTunes berichtet, ist es für Linux-Benutzer nicht mehr möglich, Tools wie gtkpod und Rhythmbox einzusetzen. Aber auch unter
