Auf vielen Websites läuft noch eine Vielzahl verschiedener Plug-Ins, die für Animationen, Bedienelemente und andere Möglichkeiten sorgen, um das Web-Erlebnis zu verbessern. Auch Safari unterstützt die meisten Plug-Ins wie den Flash Player, den Adobe Acrobat Reader und Co. von Haus aus. Allerdings können die Zusätze, vor allem in alten Versionen, einige Sicherheits- oder Stabilitätsprobleme aufwerfen. Aus diesem Grund kann eine Deaktivierung sinnvoll sein.