Bei dem neuen MacBook Pro gibt es seit der Veröffentlichung ein Problem mit Backups über Apples Time Machine. Dabei kann die Datenübertragung zwischen einer externen Festplatte beziehungsweise SSD über einen „Thunderbolt 3"-Anschluss dazu führen, dass das neue MacBook Pro bei einigen Nutzern den Dienst versagt und in einem Absturz endet. Laut einigen Nutzern der neuesten Beta zu macOS Sierra 10.12.2 soll das Problem mit der bald erscheinenden Version behoben werden.