Apple verteilt mittels Over-the-Air-Update iOS 9.3.1 als mittlerweile zweite Aktualisierung der Betriebssystem-Version. Mit iOS 9.3.1 wird laut Changelog nur ein einziger Fehler behoben, bei dem Apps und laut Nutzerberichten manchmal das ganze Betriebssystem beim Öffnen von Links hängen blieben oder abstürzten.