Das Update enthält Fixes für insgesamt 38 Sicherheitslücken. Darunter sind auch kritische Schwachstellen im Kernel und der Browserengine WebKit. iOS 9.3 bringt aber auch neue Funktionen wie Night Shift, verbessert die Apps Notizen, News, Health, Apple Music, Fotos sowie iBooks und beseitigt Bugs wie den Datumsfehler.