Nicht nur die Lizenzbedingungen von iBooks Author stehen wegen ihrer Umsetzung in der Kritik, auch der E-Book-Export kann viele Kritiker nicht vollends überzeugen. Zwar basieren die Kernelemente weiterhin auf den offenen E-Book-Standard EPUB, doch hat Apple diese um proprietäre Eigenentwicklungen ergänzt, die nur von iBooks 2.0 beherrscht werden. Dadurch ist zwar eine grundsätzliche Konvertierung des neuen iBooks-Formats in den EPUB-Stan