Mit der Veröffentlichung von iBooks Author steht Apple wegen der damit einhergehenden Lizenzbedingungen in der Kritik. Mit der Verwendung der kostenlosen Software erklärt sich nämlich der Nutzer damit einverstanden, die erstellten E-Books ausschließlich über den iBookstore kommerziell anzubieten. Sollen die Bücher dagegen kostenfrei zur Verfügung gestellt werden, ist dies laut Apples Lizenzbedingungen auch außerhalb des iBookstore erlaub