FileMaker hat fast die gesamte Familie seiner Datenbankprogramme mit Updates versehen. So stehen Aktualisierungen für FileMaker Pro 9, FileMaker Pro 9 Advanced, FileMaker Server 9 und FileMaker Server 9 Advanced zur Verfügung. Die Updates beheben ein Problem von FileMaker Pro bei sicheren Verbindungen zum FileMaker Server. Allerdings soll dieses Problem nur bei FileMaker-Installationen nach dem 22. September 2008 auftauchen. Bei diesen kann es dazu kommen, dass FileMaker Pro Daten auf dem FileMaker Server nicht erkennt.