Um die Übersichtlichkeit zu wahren und weil manch eine Option in den Händen unerfahrener Anwender mehr Schaden als Nutzen bringt, gibt es in Mac OS X viele versteckte Funktionen, die sich beispielsweise über die Kommandozeile aktivieren lassen. TinkerTool stellt diese versteckten Einstellungen zur Auswahl und wirkt sich nur auf den aktuellen Benutzer aus. Ein Rücksetzen auf die Standardeinstellungen ist jederzeit möglich.