Wie nach jeder großen Aktualisierung des Betriebssystem muss auch bei der Installation von OS X Mountain Lion die Kompatibilität zu bestehender Software beachtet werden. Sofern noch von Mac OS X Snow Leopard aktualisiert wird, sind beispielsweise PowerPC-basierte Apps nicht mehr kompatibel, weil Apple seit OS X Lion nicht mehr die hierfür notwendige Erweiterung bereitstellt. Eine weitere Hürde können Neuerungen wie Gatekeeper darstellen.
